网译版
图源：Kaito582
翻译：Kaito582
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希耶斯塔曾在寄居心脏的“种子”的影响下入眠，现在她醒来已经一年了。在此期间，没有再发生大型的“世界性危机”，君冢君彦也沉浸于平静的日常生活中。平时和夏凪渚去同一所大学上学，休息天就在希耶斯塔开设的侦探事务所干助手的工作。就在君冢享受着平凡时光之时，有一天，他应邀参加由“联邦政府”主办的典礼“圣还之仪”。
这场典礼是为庆祝世界恢复和平，慰劳一直以来鞠躬尽瘁的“调律者”们而举办。君冢和夏凪、希耶斯塔一同参加了典礼，但中途却出现了一批自称是“绝迹圣域Another Eden”使者的恐怖分子，向“联邦政府”发起反抗。
其幕后的始作俑者是“线人”布鲁诺·贝尔蒙特。目的是揭露这个世界潜藏的巨大秘密“虚空记录Akashic Records”。布鲁诺的企图在希耶斯塔等人的介入下未能实现，他在预言了即将到来的灾厄之后与世长辞。
这个世界变得越发异常起来。综合考虑布鲁诺的反抗，以及之前世界树对全世界的侵略，君冢等人确信自己的记忆和世界的记录都被改写了。不久后，布鲁诺的孙女诺艾尔·德鲁普瓦茨带来了能看到过去的祭器“圣遗具”，就此君冢等人踏上了取回世界记录的旅程。
期间他们接触到了“魔法少女”丽洛黛德、“吸血鬼”斯卡雷特、“暗杀者”加濑风靡的故事。他们为了某样东西而战斗，也因此失去了某样东西。君冢将他们的故事和自己联系在一起，一点一点地把“特异点”“虚空记录Akashic Records”“怪盗”这些与世界秘密相关的记忆捡了回来。
其中最为重大的事实，便是这个世界一直是由一个名为“系统”的程序所管理的。所谓的“世界之敌”“世界性危机”就类似于它产生的漏洞、病毒，“调律者”们一直在使用一种名为“意志”的力量对抗灾厄。
而全世界最邪恶的罪犯“怪盗”亚伯·A·勋伯格试图利用“代码”这项能力取代“意志”，偷出“系统”的中枢虚空记录，以此成为新的世界管理者。当时，君冢使用“特异点”的力量暂时封印了亚伯，又和夏露一同破坏了“系统”的一部分。但亚伯告诉君冢，这个世界还藏有一个大秘密，随后他就逃走了，似乎君冢等人还要再与他会面。
这就是君冢目前取回的所有记忆，他委托夏凪去寻找下落不明的夏露，而自己则要与希耶斯塔一起踏上最后一程，前往虚空记录所在的塔台，和亚伯做个了断，并查明世界出现异常的真正原因——